| ROUND | R1 | R2 | R3 | R4 | QF | SF | F |
| Season archive |
| Saturday, 3 September 2016 | ||||||
| r2 | Kashima Antlers | 3-0 | Kataller Toyama | |||
| 35 | Akasaki | |||||
| 39 | Shibasaki | |||||
| 59 | Suzuki | |||||
| r2 | Jubilo Iwata | 2-0 | Kanagawa University | |||
| 40 | Morishima | |||||
| 90 | Nakamura | |||||
| r2 | Nagoya Grampus 8 | 0-1 | Nagano Parceiro | |||
| 90 | Tada | |||||
| r2 | Shimizu S-Pulse | 3-0 | Mito Hollyhock | |||
| 18 | Kaneko | |||||
| 24 | Jong | |||||
| 66 | Edamura | |||||
| r2 | Cerezo Osaka | 2-1 | Kyoto Sanga | aet | ||
| 25 | Sugimoto | 14 | Yamase | |||
| 107 | Souza | |||||
| r2 | JEF United | 2-0 | Zweigen Kanazawa | |||
| 57 | Élton | |||||
| 86 | Nagasawa | |||||
| r2 | Kashiwa Reysol | 5-2 | Nara Club | |||
| 58 | Otsu | 55 | ||||
| 63 | Dudu | 61 | ||||
| 69 | Cristiano | |||||
| 73 | Otsu | |||||
| 90 | Cristiano | |||||
| r2 | Shonan Bellmare | 6-0 | Yamanashi Gakuin University Orions | |||
| 1 | Shimoda | |||||
| 8 | Shimoda | |||||
| 12 | Dinei | |||||
| 72 | Shimoda | |||||
| 82 | Weslley | |||||
| 86 | Weslley | |||||
| r2 | Kawasaki Frontale | 3-1 | Blaublitz Akita | |||
| 67 | Eduardo | 28 | Maeyama | |||
| 77 | Okubo | |||||
| 82 | Tasaka | |||||
| r2 | Consadole Sapporo | 1-2 | Fagiano Okayama | |||
| 90 | Tokura | 4 | Toyokawa | |||
| 86 | Fujimoto | |||||
| r2 | Vegalta Sendai | 2-5 | Grulla Morioka | |||
| 18 | Ishikawa | 13 | Ushinohama | |||
| 80 | Motegi | 26 | Umenai | |||
| 32 | Anraku | |||||
| 64 | Umenai | |||||
| 74 | Suzuki | |||||
| r2 | Albirex Niigata | 5-3 | Kwansei Gakuin University | aet | ||
| 27 | Rafael Silva | 22 | ||||
| 56 | Rafael Silva | 31 | ||||
| 58 | Rafael Silva | 79 | ||||
| 107 | Rafael Silva | |||||
| 112 | Naruoka | |||||
| r2 | Ventforet Kofu | 0-0 | Oita Trinita | aet, p6-7 | ||
| r2 | Sagan Tosu | 3-1 | FC Ryukyu | |||
| 9 | El Kabir | 66 | Tanabe | |||
| 18 | Kamada | |||||
| 62 | Okada | |||||
| r2 | Montedio Yamagata | 5-0 | Thespa Kusatsu | |||
| 9 | Kawanishi | |||||
| 29 | Diego Souza | |||||
| 32 | Suzuki | |||||
| 82 | Matsuoka | |||||
| 89 | Hayashi | |||||
| r2 | Tokushima Vortis | 2-0 | Kitakyushu | |||
| 76 | Osaki | |||||
| 87 | Kim | |||||
| r2 | Roasso Kumamoto | 1-5 | Tokyo Verdy 1969 | |||
| 8 | Hirashige | 28 | Taira | |||
| 43 | Takagi | |||||
| 50 | Sawai | |||||
| 66 | Taira | |||||
| 90 | Takagi | |||||
| r2 | V-Varen Nagasaki | 1-2 | Yokohama FC | aet | ||
| 89 | Kimura | 15 | Laajab | |||
| 112 | Nomura | |||||
| r2 | Matsumoto Yamaga | 1-2 | Honda FC | |||
| 26 | Takasaki | 29 | ||||
| 67 | ||||||
| r2 | Kamatamare Sanuki | 0-2 | Ehime FC | |||
| 62 | Omotehara | |||||
| 89 | Kondo | |||||
| Wednesday, 7 September 2016 | ||||||
| r2 | Avispa Fukuoka | 2-2 | Renofa Yamaguchi | aet | ||
| 51 | Kunimoto | 49 | Torikai | |||
| 103 | Kunimoto | 120 | Hoshi | |||
| r2 | Yokohama F-Marinos | 2-0 | Fukushima United | aet | ||
| 107 | Nakamachi | |||||
| 115 | Kayke | |||||
| r2 | Vissel Kobe | 7-1 | Suzuka | |||
| 6 | Ishizu | 76 | Kakimoto | |||
| 10 | Watanabe | |||||
| 43 | Pedro Júnior | |||||
| 64 | Nakasaka | |||||
| 66 | Pedro Júnior | |||||
| 68 | Fujita | |||||
| 87 | Masuyama | |||||
| r2 | Omiya Ardija | 1-0 | Gainare Tottori | |||
| 51 | Pečnik | |||||
| 6 | +1 | Kenyu SUGIMOTO (Cerezo Osaka) |
| 5 | +1 | ÉLTON Rodrigues (JEF United) |
| 4 | +4 | RAFAEL da SILVA (Albirex Niigata) |
| Yoji SASAKI (Tokushima Vortis) | ||
| 3 | Kazuki SAITO (Jubilo Iwata) | |
| +1 | Yu KIMURA (V-Varen Nagasaki) | |
| Ryuga SUZUKI (Ehime FC) | ||
| Taisuke NAKAMURA (Jubilo Iwata) | ||
| +2 | Takahiro KUNIMOTO (Avispa Fukuoka) | |
| +3 | Hokuto SHIMODA (Shonan Bellmare) | |
| +1 | Kenta ANRAKU (Grulla Morioka) |